ファイルを「すぐに削除…」する
早速やり方ですが、削除したいファイルを選んだ状態で、メニューバーの「ファイル」をみると、「ゴミ箱に入れる」という項目があると思います。ショートカットキーだと「Commandキー + Deleteキー」ですね。
この時にOptionキーを押してみると、「ゴミ箱に入れる」という項目が「すぐに削除…」に変わります。これを選べばゴミ箱を経由せずファイルを削除する事ができます。ショートカットキーだと「Commandキー + Optionキー + Deleteキー」で同じことができます。
「ゴミ箱を確実に空にする」オプションは廃止
ちなみにファイルの削除関係でもう一つの変更点として、今まで「ゴミ箱を確実に空にする」というオプションがあったのが、「OS X El Capitan」では廃止されています。