iPhone 6s、iPhone 6s Plusでは問題なし
この問題については、iPhone6/6 Plusを「iOS 9.2」にアップデートをした場合に起こるもので、ユーザーにはアップデートを控えるように案内しています。
ちなみに、SIMフリー版、au版の両方でもこの問題により、SMSが利用できなくなる場合があるとのこと。
なお、iPhone 6s、iPhone 6s PlusではauプランでもSMSが問題なく使えることが確認されているようです。
この問題についての追加の情報については、マイネ王にて随時追記や更新を行うそうなので、参照してみてください。