正しいアカウントで再ログインする
今回初期化されたように見えてしまう問題は、理由は不明ですが自分がプレイをしていたGoogleアカウントではないアカウントでログインしてしまっているということのようです。
2つ以上のGoogleアカウントを利用している人でおそらくこの問題が出ていると思われます。
さて、では早速対処法を紹介します。

まずは、マップ画面からモンスターボールを押して、右上にある「設定」をタップします。

つづいて下にある「サインアウト」をタップしましょう。

タイトル画面になるので「GOOGLE」というところをタップします。

あとは今まで「ポケモンGO」で使っていたGoogleアカウントでもう一度ログインするだけです。
これでデータが元に戻ると思いますので、「ポケモンGO」にアップデートしたあとにこの問題が出た人はやってみてください。