2013.02.28この問題について、AllThingsDのレポートでは、Amazonはこの問題について認識していて、現在修正に取り組んでいるとのことです。
おそらくかなり近いうちに再度この問題を修正したアップデートがリリースされると思いますので、アップデートしないことをオススメします。
[更新]
問題を修正したアップデート版がリリースされています。詳細は以下の記事からどうぞ。
・Amazon、ライブラリが消えるなどの不具合を解決したiOS版「Kindle 3.6.2」リリース
9to5Macによると、Amazonは、iOS向けにリリースした「Kindle 3.6.1」について、アップデートすると保存されているライブラリ、アカウント情報、設定などがすべて削除されてしまう不具合があり、アップデートをインストールしないように案内していると伝えています。
