デベロッパーは自分のアプリを64Bit-CPUを持たない機種についてオプションで制限することが可能で、有効にした場合は非64Bit-CPUのデバイスではそのアプリがApp Storeに表示されなくなり、もちろんダウンロードもできなくなるそうです。
Appleは「A7」チップから64Bitプロセッサとなっていて、現在64Bitに対応している機種は「iPhone 5s以降」「iPad Air 以降」「iPad mini 2」以降となり、「iPod touch」は全機種対象から外れることになります。
Appleは今年の2月1日からアプリの64Bitサポートが必須条件で32Bitと64Bitの両方のコードが必要だということをデベロッパーに告知をしていましたが、「iOS 9」からは64BitだけをサポートするアプリというのがOKということになるようです。
これはすべてデベロッパーの方の判断ということになりますが、古い機種のサポートをしないという割り切りもできるということですね。もちろん今までどおり32Bitも64Bitも両方サポートすることも問題ありません。