すでにiCloudアカウントで2段階認証を有効にしていると、iMessageとFaceTimeをログインするときに2段階認証を求められ、新たにApp用パスワードを生成することを求められます。
iOSデバイスなどに送信される4桁のPINコードを入力したあとに、App用パスワードを生成し、それを入力することでログインが完了するという形になっています。
iCloudの2段階認証の場合は、サインイン時に4桁のPINコードを入力するだけで2段階認証が完了していましたが、iMessageとFaceTimeについてはApp用パスワードが必要になるようです。
(via Macrumors)
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