このまとめによると、LaunchPadからアプリを削除した際に「~/Library/Application Support/」の内容が全て削除されてしまうそうで、現在のところ「Coffitivity」というアプリを削除すると必ず発生するようです。
この原因については、アプリ内にある「Info.plist の CFBundleDisplayName に空の string が設定」されていると起こる問題のようで、この項目を同様の設定にしているアプリがあれば同じように「Application Support」の内容が全て削除されてしまうものとみられます。
「Application Support」の中身が消えてしまうのは非常にまずいので、とりあえず修正されるまでLaunchPadからアプリを削除することはやめたほうがいいと思います。
(via 卵は世界であるさん / 気になる、記になる…さん)