アプリ毎に設定することが可能
この機能はバッテリー寿命を延ばすのに非常に役立っているとは思うのですが、例えばムービーのレンダリング、書き出しなどを行っている最中にこの「App Nap」が有効になってしまうと処理がほとんど止まった状態になったりします。
そんな時は、この「App Nap」を切る設定をしてみてください。
やり方は、アプリケーションフォルダから、「App Nap」を切りたいアプリを選択して、Finderメニューなどから「情報を見る」を選択、一番上の画像にもあるように「App Napを切にする」のチェックボックスにチェックを入れるだけです。
これでバックグラウンドでもアプリが動作するようになります。アプリの特性に応じて設定してみてください。