Macお宝鑑定団Blogさんによると、「MacBook Pro (2016)」に採用されている第2世代のバタフライ構造キーボードは、本体熱によってキートップが変形し、キーボード打刻時に従来よりも音が大きくなる場合があると伝えています。
この問題がある場合でも「MacBook Pro (2016)」は、キートップ単体で交換することが可能で、音が大きくなったと確認されるキーのみを修理交換することで対応することができるようです。
これから夏に向けてどうしても本体熱は高くなる傾向なので原因が熱となると、こういった報告はさらに増えてくるかもしれませんね。
もし、一部のキーだけの音が大きくなったり違和感がある場合は、Apple StoreやAppleの正規サービスプロバイダに相談してみるといいかもしれませんね。