以下の動画がそのラグを撮影したものになっていて、たしかにカクついているのが確認できますね。
今のところ抜本的な解決策などは見つかっていないようですが、一時的な対処法としてシステム環境設定のディスプレイ項目にあるアクセシビリティの「コントラストを上げる」をオンにしたり、MacのPRAMクリアなどが提案されています。
また、復元からセットアップするのではなくOSのクリーンインストールをすることも勧められています。
ちなみに、こういったラグはぼくが使っている「MacBook Pro (Retina 15-inch Late 2013)」でもたくさんのアプリを立ち上げていたり、しばらく使っていると出てくるのですが、上の動画をみると結構ひどいですね。